解开深层科研需要先完成普通科研任务，普通科研在飞船的衰退室终端开始，接取后进入随机生成的虚空场景。任务标准连续完成三个目标，歼灭、防御或生存等。每次目标完成后会出现装备选择界面，体系强制随机分配战甲和武器。完成普通科研后解开深层科研的决定因素在于任务负面词条全选。每次任务开始前会提供多个负面效果选项，例如敌人护甲增强、技能范围缩小等，必须主动勾选全部负面词条。同时必须运用体系随机分配的装备不能替换，满足这两点后通关任务，结算时才会开始精英深层科研的权限。

组队策略能降低难度，四人队伍可采取一拖三战略，一名人物运用强力战甲如沙甲承担主输出，其他三人选择不装备战甲节省资源。或者轮流召唤船员助战，全员部署魅影辅助战斗。双人配合则主推主战甲配辅助战甲例如猎鹰轮组合沙甲，任务中注意利用场景元素，某些隐藏洞穴能规避敌人集火。深层科研的装备选择依赖运气，若随机到弱势武器如基础伤害低的步枪，优先运用战甲技能输出。

主推携带生存型战甲如沙甲，其沙尘护盾能抵消高等级敌人伤害。通关后获取TAU源力石，用于强化专精学派。解开的精英科研玩法敌人等级达300级以上，但奖励包含稀有白金赋能。任务进度每周刷新，未及时完成会重置挑战机会。精英科研的赋能掉落率显著提高，反复刷取是获取高阶赋能的核心途径。